Jeżeli wiemy, że uszkodzony system plików jest powodem problemu a dodatkowo przyczynił się do zniknięcia dysku, wówczas należałoby postępować wg artykułu napisanego wcześniej:

-> Odzyskiwanie danych z utraconych partycji

Uszkodzony system plików jest powodem wielu problemów. Może się przyczynić do wyżej wspomnianego zniknięcia dysku (dysk może być widoczny jako RAW), utraty wpisów plików (wpisy odpowiedzialne za to gdzie pliki są, jak się nazywały i jakie miały atrybuty/właściwości), co prowadzi często do zaburzenia struktury katalogowej.

Jeżeli dysk o uszkodzonym systemie plików jest widoczny, StrongRecovery po jego wybraniu (otworzeniu) przeanalizuje go wstępnie i na podstawie analiz wybierze system plików, który został uszkodzony (dobierze potrzebne parametry aby uzyskać dostęp do pierwotnego dysku), o ile to możliwe.

Jeżeli program nie będzie w stanie określić systemu plików, wówczas pojawi się następujące okno:

Okno te pojawi się również po kliknięciu prawego przycisku myszy na dysk i wyborze z menu: "Ustawienia". Mamy w nim kilka opcji, możemy wskazać poprzedni system plików, jeśli został zmieniony, jeżeli nie, to możemy wzmocnić skanowanie poprzez wybór opcji 3, 4. Ostatnia opcja jest pomocna, gdy odczyt danych na początku dysku sprawia duży kłopot i powoduje znaczne spowolnienie lub uniemożliwia analizę nośnika.